1. U Sektoru za zdravstvenu zaštitu vrše se poslovi koji se odnose na sprovođenje zdravstvene politike kojom se utvrđuju opšta načela sistema i organizacije u oblasti primarne, sekundarne i tercijarne zdravstvene zaštite zasnovane na principu jednakosti u ostvarivanju prava na zdravstvenu zaštitu. Prati izvještaje o zdravstvenom stanju stanovništva koje priprema i dostavlja Institut za javno zdravlje, organizuje mjere za sprovodjenje zaštite; prati ostvarivanje prava na zdravstvenu zaštitu, vrši nadzor nad radom zdravstvenih ustanova i nadzor nad primjenom zakona i propisa za sprovodjenje mjera zdravstvene zaštite, daje saglasnost na preventivne programe; izradu eleborata studija i programa u vezi organizacije rada i razvoja zdravstvene službe; koordinira i prati rad Ljekarske i Farmaceutske komore, vrši nadzor i kontrolu nad zakonitošću rada komora i na njihov predlog, utvrdjuje sadržaj i način izdavanja licenci iz prakse; sprovodi mjere inspekcijskog nadzora u skladu sa zakonom, vrši kontrolu primjene zakona i drugih propisa o zaštiti zdravlja gradjana iz nadležnosti Ministarstva, odlučuje u drugostepenom upravnom postupku o pravima iz zdravstvenog osiguranja i zdravstvenog i sanitarnog nadzora.
2. U Sektoru za upravljanje zdravstvom vrše se poslovi koji se odnose na kreiranje zdravstvene politike, razvoja i unapređenja zdravstvenog sistema kroz komponente zdravstvene infrastrukture - resursa, menadžmenta i organizacije. Priprema studije, analize, elaborate, informacije i programe koji služe kao stručna osnova za utvrđivanje i sprovođenje politike u oblasti zdravstvene zaštite i zdravstvenog osiguranja, daje mišljene o predlozima zakona i drugih propisa, daje tumačenje propisa iz oblasti zdravstvenog osiguranja, vrši nadzor nad zakonitošću rada Fonda zdravstvenog osiguranja. Priprema planska dokumenta iz svoje nadležnosti: planove specijalizacija, programe stručnog usavršavanja, prioritete u razvoju, mrežu zdravstvenih ustanova, predlaže kriterijume za osnivanje i rad zdravstvenih ustanova, sadržaj i obim zdravstvene zaštite (sa standardima), prati implementaciju rezolucija, deklaracija i konvencija u oblasti zaštite zdravlja. Priprema predloge akcionih planova i programa usmjerenih na zaštitu vulnerabilnih kategorija i smanjenje nejednakosti u zdravlju. Priprema i prati sprovođenje nacionalne strategije javnog zdravlja. Koordinira i prati rad stalnih stručnih tijela - komisija ministarstva zaduženih za utvrđivanje strategija u prioritetnim oblastima zdravstvene zaštite i druge odgovarajuće poslove; priprema nacrte zakona i drugih propisa u oblasti zdravstvene zaštite i zdravstvenog osiguranja, bliže propisuje način pružanja zdravstvene zaštite i ispunjenost uslova za osnivanje i rad zdravstvenih ustanova. Definiše stručno medicinske aktivnosti u vezi obavljanja zdravstvene zaštite, stručno usavršavanje zdravstvenih radnika i saradnika, kao i uslove za izvodjenje programa obuke i polaganje stručnih ispita. Izrađuje predloge programa i trajanja specijalističkog staža. Priprema predloge i koordinira aktivnosti organa za vezu u primjeni međunarodnih sporazuma o zdravstvenom osiguranju.
3. U Sektoru za ekonomiku u zdravstvu vrše se poslovi koji se odnose na praćenje sistema finansiranja i ugovaranja između javnih zdravstvenih ustanova i Fonda zdravstvenog osiguranja, daje mišljenje na Finansijski plan Fonda, daje saglasnost na godišnje bilanse potreba, daje predlog cijena zdravstvenih usluga, prati program privatizacije u zdravstvu; daje mišljenje na predloge Fonda o zaključivanju ugovora o pružanju zdravstvene zaštite, o učešću osiguranika u troškovima zdravstvene zaštite; priprema projekcije finasijskih sredstava za zdravstvo, vrši procjenu sredstava iz budžeta za finansiranje pojedinih oblika zdravstvene zažtite, priprema i prati realizaciju mjera ekonomske politike u sistemu zdravstva; prati javne nabavke u javnim zdravstvenim ustanovama, donošenje plana kapitalnih investicija i ukupnu potrošnju u zdravstvu u cilju finansijske održivosti sistema zdravstva, koji se odnose na unapređenje i funkcionisanje sistema zdravstvene zaštite, pripremanje, praćenje i sprovođenje strategije razvoja informacionog društva; pripremanje predloga akcionih planova i programa za unapređenje i razvoj funkcionisanja informacionog sistema zdravstvene zaštite, definiše poslove uspostavljanja tehnološke i sigurnosne informatičke infrastrukture u organima i ustanovama zdravstvene zaštite.Vrši nadzor nad realizacijom elektronske kartoteke pacijenata u primarnoj, sekundarnoj i tercijarnoj zdravstvenoj zaštiti.
4. U Sektoru za kontrolu i unapređenje kvaliteta vrše se poslovi koji se odnose na: unapređenje sistema dobrovoljne akreditacije ustanova;unapređenje standarda za akreditaciju na svim nivoima zdravstvene zaštite; izradu i objavljivanje izvještaja o akreditacijama zdravstvenih ustanova; formulisanje procedura prijema tretmana i otpusta pacijenata; praćenje, unapređenje i promovisanje pokazatelja kvaliteta i rezultata rada u zdravstvenim ustanovama; reviziju kriterijuma za stavljanje pacijenta na liste čekanja; reviziju postojećih i utvrđivanje novih procedura za stavljanje pacijenta na listu čekanja; izradu vodiča i procedura za poštovanje prava pacijenata; analizu rezultata o zadovoljstvu korisnika pruženim zdravstvenim uslugama; utvrđuje kliničke protokole i smjernice.
5. U Sektoru za bioetiku i farmaceutiku vrše se poslovi iz djelokruga Ministarstva koji se odnose na: izradu predloga i analiza za sprovođenje nacionalne politike u oblasti lijekova i medicinskih sredstava;učestvovanje u pripremi i sprovođenju međunarodnih sporazuma i sprovođenje međunarodne saradnje u oblasti lijekova i medicinskih sredstava; izradu elaborata analiza i studija u oblasti lijekova i medicinskih sredstava;utvrđivanje nacionalne farmakopeje i magistralne formule; utvrđivanje mjera za racionalnu potrošnju lijekova; bliže propisivanje uslova za: izdavanje dozvola za stavljanje lijeka u promet,proizvodnju, kontrolu,praćenje neželjenih reakcija, oglašavanje i obilježavanje tradicionalnih homeopatskih lijekova; propisivanje sadržaja i načina vođenja evidencija o izdatim dozvolama; izdavanje dozvola za uvoz, izvoz i stavljanje otrova u promet; vođenje Registra i Liste otrova; sprovođenje monitoringa prometa i upotrebe otrova; sačinjavanje liste čekanja lica kojima je presađivanje djelova tijela jedini način liječenja, vođenje registra i evidencija potencijalnih davalaca djelova tijela,donošenje akata za primjenu zakona o uzimanju i presađivanju djelova ljudskog tijela i zakona o asistiranim reproduktivnim tehnologijama, vođenje jedinstvenog registra o postupcima asistiranih reproduktivnih tehnologija kao i registra o sakupljenim, odabranim i čuvanim polnim ćelijama, primjenu naučnih dostignuća iz biomedicine u zdravstvenoj zaštiti i liječenju; primjenu genske tehnologije za liječenje u medicinskim indikovanim slučajevima; sprovođenju aktivnosti na izradi podzakonskih akata za implementaciju zakona o genetskoj privatnosti; davanje akreditacije za laboratorije za genetsko testiranje u skladu sa EU standardima i vođenje drugostepenog upravnog postupka u oblasti lijekova i medoconskih sredstava.
6. U Odjeljenju za evropske integracije i međunarodne odnose vrše se poslovi iz djelokruga Ministarstva koji se odnose na: praćenje sprovođenja aktivnosti i obaveza Ministarstva u procesu pridruživanja i pristupanja EU u oblasti zdravstvenog sistema, obezbjeđivanje informacija o primjeni Akcionog plana za oblast Ministarstva, definisanje donatorskih programa, saradnju sa nadležnim organima i institucijama u vezi sa procesom pristupanja EU i praćenja aktivnosti ovih organa u procesu pridruživanja EU; pripremanje programa, informacija i izvještaja iz ove oblasti; praćenje implementacije međunarodnih rezolucija, deklaracija i konvencija u oblasti zaštite zdravlja, obezbjeđuje dostavljanje nacionalnih izvještaja o zdravlju na zahtjev Svjetske zdravstvene organizacije i drugih indikatora za procjenu zdravstvenog stanja prema međunarodnim konvencijama.
7. Odjeljenje za droge prati realizaciju ciljeva predviđenih Nacionalnim strateškim odgovorom na droge i Akcionim planom; prati i vrši nacionalnu koordinaciju multisektorskog sprovođenja politike iz oblasti droga, kako bi se obezbijedio sveobuhvatan odgovor na problematiku sa nacionalnog nivoa; uspostavlja i održava nacionalnu horizontalnu i vertikalnu kontakt mrežu;prati realizacije aktivnosti između državnih organa,institucija,lokalne uprave,civilnog sektora i izradu prijedloga Nacionalnog programa; učestvuje u izradi normativnih akata i drugih dokumenata i ažurira njihovu usklađenost sa međunarodnim i EU dokumentima i standardima.Prati primjenu mjera iz domena sistema zdravstveme zaštite , socijalne zaštite , preventivnih, terapeutskih,rehabilitacijskih djelatnosti iz svih resora,te djelatnosti iz domena djelovanja carinskih i policijskih službi, NVO sektora; uspostavlja i vodi međunarodnu saradnju sa relevantnim međunarodnim tijelima , UNODC , EMCDDA , WHO, POMPIDOU grupom; koordinira izradu obaveznog godišnjeg izvještaja za EMCDDA i podatke za REITOX;dostavlja redovne i vanredne izvještaje međunarodnim organizacijama i asocijacijama;uspostavlja i održava regionalnu i međususjedsku saradnju u skladu sa Evropskom strategijom za droge; sarađuje sa međunarodnim institucijama u cilju promovisanja terapeutskih i rehabilitacijskih aktivnosti vezanih za zavisnost od psihoaktivnih supstanci; formira i vodi bazu podataka iz oblasti droga u državi; koordinira izradu Nacionalnog izvještaja; predlaže članove Stručnog savjeta za droge koji imenuje Vlada Crne Gore i osigurava sprovođenje odluka koje donosi Stručni savjet Vlade; predlaže Stručnom savjetu mjere i aktivnosti iz oblasti droga, vrši administrativne poslove za Stručni savjet.
8. Zdravstveno sanitarna inspekcija